Był sędzią przez 30 lat: liniowym, głównym, asystentem, technicznym i VAR. Sędziował m.in. w Ekstraklasie w latach 1991-2017, mecze UEFA: 1997-2017, FIFA: 2001-2017. Prowadził również mecze Ligi Mistrzów UEFA i mistrzów świata FIFA. W TVP przybliża niuanse przepisów gry, odsłania kulisy piłki nożnej i stara się pisać takie artykuły, aby młodszym pokoleniom było lepiej niż było starszym.

Rafał Rostkowski jest też między innymi:
● autorem projektu i inicjatorem wprowadzenia zawodowstwa sędziów piłki nożnej w Polsce, autorem kampanii medialnej promującej ten pomysł i autorem trzech pierwszych edycji kontraktów zawodowych dla polskich sędziów;
● autorem wielu publicznych wystąpień przeciwko korupcji w piłce nożnej, autorem różnych propozycji antykorupcyjnych i pomysłodawcą weksli antykorupcyjnych dla sędziów zawodowych;
● pomysłodawcą, inicjatorem i organizatorem programu Referees Exchange Programme Japan/Poland, czyli wymiany sędziów między Japonią i Polską, programu uznawanego za najlepszy tego typu program szkoleniowy na świecie, trwającego od roku 2008 do 2017, reaktywowanego przez JFA i PZPN w 2024 i 2025 roku;
● autorem aplikacji, po otrzymaniu której UEFA przyjęła PZPN do Konwencji Sędziowskiej;
● promotorem idei umożliwienia sędziom korzystania z powtórek wideo, promotorem systemu VAR i autorem kampanii medialnej w celu wdrożenia tego systemu w Polsce;
● autorem propozycji zmian w "Przepisach gry", między innymi interpretacji przepisu o spalonym wdrożonej przez The IFAB w roku 2022;
● autorem petycji do Senatu RP w celu wprowadzenia zmian w polskim prawie i objęcia sędziów sportowych taką samą ochroną prawną, jaką mają funkcjonariusze publiczni.