Najlepsze czasy klubu z Majorki przypadły na przełom wieków. W sezonach 1998/1999 i 2000/2001 drużyna zajmowała trzecią pozycję w La Liga. W 2003 roku klub zdobył Puchar Hiszpanii. W 2008 jedynym królem strzelców Mallorki w La Liga został Daniel Guiza.
![Athletic Bilbao – Mallorca. Finał Pucharu Króla Hiszpanii [transmisja na żywo, online, live stream] (06.04.2024)](https://s5.tvp.pl/images2/5/c/0/uid_5c081115cb11443787bc8803edf5b83d_width_362_play_0_pos_0_gs_0_height_208.jpg "Athletic Bilbao – Mallorca. Finał Pucharu Króla Hiszpanii [transmisja na żywo, online, live stream] (06.04.2024)")
